A határozott Kapitány, az olvasni képtelen, de zseniális találmányokat eszkábáló Kowalski, az érzékeny Közlegény és az állandóan durrogó Rico vállvetve küzdenek azért, hogy mindenki a Madagaszkár filmek alapján készült mesesorozatot válassza kikapcsolódásul. Társuk ebben az önimádó Julien király is, de a szériában mutatkozik be az eddig nem látott Marlene, a vidra, aki végtelenül pozitív hozzáállásával napi rendszerességgel a Kapitány idegeire megy. Persze ők sem lehetnek ellenfelei a félkatonai módszerekkel operáló pingvincsapatnak, akik már a Madagaszkár első két részében is a gyerekek kedvencei lettek, szélsőséges személyiségüknek és egymással szívesen konfrontáló stílusuknak hála.