Az 5. évad végén a csapatnak meg kellett állítania Glenn Talbot tábornokot, aki időközben földönkívüli eredetű képességekre tett szert és Graviton néven fenyegette a Földet. Az veszedelmes ellenfél megálíltása hatalmas áldozattal járt és utolsó epizód lepörgésével látszólag Phil Coulsontól (Clark Gregg) is búcsút kellett vennünk, aki Melinda May (Ming-Na Wen) társaságában utozott Tahitira, hogy leélje hátralévő napjait. Ezek a napok sajnos rendesen meg voltak számlálva, mivel a Szellemlovassal való egyesülés következtében kiírtódott a testéből az a Kree DNS, ami új életet adott neki a Bosszúállók eseményei után.
A SHIELD igazgatói pozíciója így megüresedett és a 6. évadban Alphonso "Mack" Mackenzie fogja betölteni ezt a szerepet. Macknak azonban nem lesz könnyű a csapat egyik tagjából hirtelen a csapat vezetőjévé válni. Erről a karaktert alakító Henry Simmons eképpen nyilatkozott egy interjúban:
"Személy szerint nekem nagyon tetszik az a kihívás, hogy a SHIELD igazgatója lehetek. Mack vállvetve dolgozott azokkal az emberekkel, akiket most vezetnie kell. Ez az előnyére válik. Egy közülük. Viszont van valami, ami visszafogja Mack vezetői képességeit, méghozzá az, hogy vonakodik attól, hogy a veszély útjába tegye azokat az embereket, akiket szeret. Ennek következében kemény döntések elé kerülhet. Vajon milyen áldozatot fog meghozni?"
Az Agents of SHIELD 6. évada valamikor a nyár folyamán fog debütálni az ABC-n. Az első teaser tanulsága szerint Phil Coulson visszatérésére is van remény valamilyen misztikus módon.